En quête de ses racines, Sachiko rend visite à sa famille japonaise installée à Sumatra. Tout le monde ici essaie de se reconstruire après le tsunami qui a ravagé l’île il y a dix ans. À son arrivée, elle apprend qu'un homme a été retrouvé sur la plage...
Gamba, un rat des villes, part à l’aventure pour découvrir l’océan. En chemin, il rencontre une jeune souris qui lui raconte que sa famille et d’autres souris d’une île voisine ont été tuées par des belettes, menées par le terrifiant Noroi. Gamba, avec ses amis, promet de sauver l’île et de vaincre le maléfique Noroi et son clan…
Le petit Sosuke, cinq ans, habite un village construit au sommet d'une falaise qui surplombe la Mer Intérieure. Un beau matin, alors qu'il joue sur la plage en contrebas, il découvre une petite fille poisson rouge nommée Ponyo, piégée dans un pot de confiture. Sosuke la sauve, et décide de la garder avec lui dans un seau. Ponyo est aussi fascinée par Sosuke que ce dernier l'est par elle...
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