Après une longue ascèse, Jésus rejoint les membres de sa communauté, soutenu par son disciple et intendant, Judas. Son enseignement sidère les foules et attire l'attention des résistants, des grands prêtres et de l'autorité romaine.
Rachel est une adolescente issue d’une famille fondamentaliste mormone de l’Utah. A ses 15 ans, elle découvre le rock sur une cassette audio. N’ayant jamais entendu une telle musique, Rachel vit ce moment comme une expérience exceptionnelle, mystique et sensuelle. Trois mois plus tard, la jeune fille tombe enceinte et affirme avoir subi une immaculée conception à l’écoute de la musique...
Au départ, Marc Scialom aurait dû réaliser "Le Citronnier", l'histoire d'une rencontre, à Marseille entre un jeune Marocain et une juive tunisienne. Mais la mort de Mohammed, qui devait incarner le jeune homme, interrompt brusquement le projet. Un autre film reste à faire : celui qui raconte le désarroi du réalisateur.
Aéroport JFK, New York, le 31 décembre 1999. Jésus débarque avec son assistante, la belle et mystérieuse Magdalena. Tout le monde se pose la même question : le commencement du nouveau millénaire signifie-t-il la fin du monde ? Au cours de la journée, Jésus va parcourir New-York, croiser croyants et impies, à l'heure où il faut décider du sort des âmes humaines.
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